“十二?五”以來，學校科研平臺建設工作成效顯著，通過積極努力，累計獲批建設1個國家級科研平臺、1個兵團與科技部共建國家重點實驗室培育基地、7個省級重點實驗室、2個省級人文社科重點研究基地、3個農業部試驗站、2個兵團協同創新（培育）中心。        
1.南疆特色果樹高效優質栽培與深加工技術國家地方聯合工程實驗室        
2.新疆生產建設兵團塔里木盆地生物資源保護利用兵團重點實驗室—國家省部共建培育基地        
3.兵團塔里木畜牧科技重點實驗室        
4.南疆特色果樹生產工程實驗室        
5.南疆特色農產品深加工兵團重點實驗室        
6.現代農業工程重點實驗室        
7.新疆兵團南疆化工資源利用工程實驗室        
8.塔里木盆地生態保護與生物資源利用國際合作基地        
9.環塔里木畜動物病診斷與防控工程實驗室        
10.兵團人文社科重點研究基地—西域文化研究院        
11.自治區人文社科重點研究基地—非傳統安全與邊疆民族發展研究院        
12.農業部西北區域農業微生物資源利用科學觀測實驗站        
13.農業部阿拉爾作物有害生物科學觀測站        
14.農業部農產品質量安全風險評估實驗站        
15.西域文化與絲路文明共享協同創新中心        
16.環塔里木生態農業協同創新中心